胃肠功能紊乱的治疗主要是对症治疗，如果有上腹痛，烧心，反酸的症状，可以选择ppi类药物，如奥美拉唑，兰索拉唑，泮托拉唑，雷贝拉唑，埃索美拉唑等，或者是h2受体阻滞剂，如雷尼替丁，法莫替丁，西咪替丁，尼扎替丁等，还可以选择胃黏膜保护药，如铝镁加混悬液，硫糖铝等，经过这些药物抑制胃酸或中和胃酸，减少胃酸对胃粘膜的刺激，而缓解症状。如果病人有恶心，呕吐，嗳气，饱胀，早饱等表现，或者有便秘，可以选择促胃肠动力药，如多潘立酮，莫沙必利，伊托必利等，或者是助消化药，如复方消化酶、复合维生素B等，还可以选择益生菌，如复方嗜酸杆菌，双歧杆菌，乳酸杆菌，酪酸菌等治疗。如果有脐周或者是下腹绞痛，可以选择抗胆碱能药物，如654-2、阿托品等，或者是肠道钙通道阻滞剂，如匹维溴安等治疗。如果有腹泻，可以选择益生菌，黄连素，蒙脱石散等止泻治疗。
