颈动脉海绵窦瘘是有后遗症的。颈动脉海绵窦瘘可能会因静脉回流障碍、脑出血及脑缺血缺氧造成相关的后遗症。颈动脉海绵窦瘘是因颈动脉，及分支破裂使血液直接入海绵窦，称为颈动脉海绵窦痿，造成的相关后遗症包括如下：第一，海绵窦内压力及体积增大，使眼静脉回流障碍，可以表现出波动性突眼、视力下降、眼睛活动受限等后遗症。第二，动脉血直接交汇于静脉血管，造成动脉血管内压力增高，表现出吹风样杂音、脑出血，因此可能造成肢体功能障碍、癫痫等并发症。第三，动脉血管远隔部位发生脑组织缺血变化，造成头晕、记忆力下降、偏瘫等后遗症的发生。
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