沙眼衣原体引起的疾病范围广泛,可累及眼、生殖道和其他脏器。在女性引起的疾病,包括有症状或无症状的宫颈炎、肝周围炎、急性输卵管炎并可继发不育。在男性引起的疾病包括有症状和无症状的尿道炎和急性附睾炎。男女两性均可发生衣原体直肠炎、结膜炎等。沙眼衣原体也可导致母婴传播。由于沙眼衣原体可引起男性、女性多种不同的疾病,而患者的疾病具体是发生哪一种疾病或完全没有任何症状仅实验室查出衣原体阳性,严重程度是不一样的。如果患者仅仅是实验室检查衣原体阳性,那么情况并不严重。如果患者不仅实验室检查衣原体阳性,并且伴发多个组织器官感染,病情就相对严重。