脑膜炎疫苗的副作用一般比较轻微，可自行缓解。脑膜炎疫苗狭义的概念仅指流脑疫苗，广义的概念包括针对细菌、病毒等各种可导致脑膜炎的病原体研制的疫苗，如乙脑疫苗、卡介苗。其中流脑疫苗、乙脑疫苗的副作用均较轻，可表现为注射局部红晕和压痛，一般24小时内消退，不用特殊处理，少数人在注射局部还会出现小的硬块。少数接种者出现低热，48小时达高峰，以后逐步恢复正常。大龄儿童或成年人偶尔出现过敏反应，即在接种部位出现疱疹，需到医院就诊。而卡介苗（预防结核性脑膜炎）为活疫苗，副作用多。常见副作用为注射部位出现红斑和丘疹，8～12周左右伴随溃疡脓肿形成或者愈合形成疤痕。重者可能发生“卡介苗全身性反应”，即持续中高热，伴或不伴肝炎、肺炎、败血症等，此时需到医院就诊。
