颅底凹陷症的治疗，因为该病常造成颅后窝和上颈部椎管有效空间缩小，故需要及时治疗，目的在于给予足够空间进行减压术。对于偶然发现的无症状者，一般不需要治疗，应嘱病人避免头颅部外伤及过度剧烈头部屈伸，颈椎按摩术可加重病情，应为禁忌。对症状轻微而病情稳定者，可以随访观察，一旦表现出进行性加重，应手术治疗。但必须指出，症状轻微病人就算影像学发现畸形也不宜手术。现阶段手术指征为：1.有延髓和上颈髓受压表现者。2.有小脑症状及颈神经症状，并呈进行性加重者。手术时，一定要选取好手术指征和合适手术方式，做好术前评估和病人思想准备，做好术后护理，避免并发症。
