患者就诊后通过胃镜、大便的化验检查、肠镜，以及影像学和生物化学的一些检查，以明确慢性胃肠炎的诊断。慢性胃肠炎的治疗原则是对因治疗，例如患者因进食被细菌或者病毒污染的食物，导致肠黏膜的破坏、肠道炎症的细菌感染性肠炎，需要应用抗生素来治疗细菌感染性的肠炎；由于结核造成的肠炎，又称肠道的结核；由于免疫因素造成的肠炎，如克罗恩病，又称溃疡性的结肠炎；由于血管的堵塞，造成缺血性的肠病；以及出血坏死性的小肠炎，都必须使用药物治疗。与此同时，还需要患者进行饮食上的控制，食用一些容易消化、含纤维素比较低的食物，也就会老百姓所说的比较精细的食物，这类食物对胃肠道刺激少，对胃肠炎患者疾病的恢复，有非常大的帮助。
