主要有手术治疗和保守治疗两种,一旦确诊了先天性巨结肠,最终都要进行巨结肠根治术才能根治,保守治疗方法,主要适用于症状轻,或者是还没有完全确诊的先天性巨结肠患者。其方法主要有,用肥皂条、开塞露等,刺激肛门直肠,引起患儿排便,或者用生理盐水洗肠等。手术治疗先天性巨结肠的方法,主要是,肠造瘘术和确定性手术。肠造瘘术适用于并发小肠结肠炎,肠穿孔,或全身营养状况较差者。是将正常的肠管脱出固定腹壁,造一漏口,使大便由此排出,这种过渡性的手术治疗,最终也要进行巨结肠的根治术,确定性手术是根治,先天性巨结肠的方法,要彻底切除病变处狭窄的长段,重新恢复肠道的连续性。