功能性消化不良无特征性的临床表现，主要有上腹痛、上腹胀、早饱、嗳气、食欲不振、恶心、呕吐等。可单独或以一组症状表现出。早饱是指进食后不久即有饱感，以致摄入食物明显减少。上腹胀多发生于餐后，或呈持续性进餐后加重。早饱和上腹胀常伴随嗳气，恶心、呕吐并不多见，往往发生在胃排空明显延迟的病人，呕吐多为当餐胃内容物。不少病人同时伴随失眠、焦虑、抑郁、头痛、注意力不集中等精神症状。这些症状在部分病人中和“恐癌”心理有关。在病程中症状也可发生变化，起病多缓慢，经年累月，持续性或反复发作，不少病人有饮食，精神等诱发因素。
