肝内胆管结石可能没有明显的临床症状,病人只是在健康体检时才被发现的。肝内胆管结石表现出临床症状时主要是表现为上腹部或者右上腹部剧烈的疼痛,可以呈阵发性也可以呈持续性疼痛,阵发性加重伴随右肩背部的放射痛,还可以表现出恶心、呕吐、厌食、油腻、食欲减退等非特异性的消化道症状。大多数的病人在炎症发生时可以表现出寒战、高热、体温可以达到39℃-40℃以上,这是由于革兰氏阴性杆菌感染所导致的特点。主要多见的致病菌有大肠埃希菌、大肠杆菌、厌氧菌以及屎肠球菌等。此外部分的病人还会表现出黄疸的症状,这是由于结石堵塞、胆管导致胆汁排泄障碍所导致。