首先是肿瘤的起源是不一样的。垂体瘤，它起源于垂体组织，当然垂体组织有腺垂体和神经垂体，往往以腺垂体可能为多见的。颅咽管瘤是由于颅咽管先天性的闭合不全，它位于鞍上，它虽然部位比较相近，但是肿瘤的发生位置是不同，此外肿瘤的性质是不同的。颅咽管瘤和垂体瘤的区别，首先是肿瘤的起源是不一样的。垂体瘤，它起源于垂体组织，当然垂体组织有腺垂体和神经垂体，往往以腺垂体可能为多见的。颅咽管瘤是由于颅咽管先天性的闭合不全，它位于鞍上，它虽然部位比较相近，但是肿瘤的发生位置是不同。此外肿瘤的性质是不同的，颅咽管瘤它生长是鞍上，直接影响着垂体的同时，对周边其他的组织结构可能直接就导致损害，有时候颅咽管瘤的生长是多部位、多角度的，四周往上前后左右，它都可以生长。而垂体瘤是首先深窝在鞍内、鞍窝里面，随着肿瘤的增大，才突向周围，甚至侵犯双侧海绵窦。此外质地和性质也是不同的，而垂体瘤实质性的肿瘤，是以腺体组织为主，和颅咽管瘤囊性比较近似。但是颅咽管瘤是实质性的，是以钙化为主。
