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生殖器疱疹和梅毒都是性传播疾病，发病前大多数都有不洁性接触史，它们之间的区别，有以下几个方面。
一、引起疾病的病原体不同。生殖器疱疹的病原体是单纯疱疹病毒，而梅毒的病原体是苍白梅毒螺旋体。
第二、潜伏期不同。生殖器疱疹的潜伏期1到20天，平均3~5天；一期梅毒的潜伏期3~6周。
第三、临床表现不同。生殖器疱疹的典型特征为簇集性的薄壁小水疱，很容易破溃形成浅表的糜烂面，即使不治疗，约7~10天也能自然消退，但90%以上的会复发，而且每次的发病部位相对固定；而梅毒一期表现为硬下疳，为硬币大小的无痛性溃疡，周边稍隆起，中心湿润。
第四、治疗药物不同。生殖器疱疹的治疗药物为核苷类抗病毒药，口服可获暂时缓解。梅毒的治疗首选苄星青霉素，治愈率90%左右。
