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病毒性心肌炎的病因主要有以下10多种病毒，如柯萨奇病毒B、埃克病毒、流行性感冒病毒A和B、肝炎病毒、腺病毒、脊髓灰质炎病毒、麻疹病毒、风疹病毒、痘苗病毒、腮腺炎病毒、流行性出血热病毒、巨细胞病毒、人类艾滋病病毒。
其中以柯萨奇病毒B、埃可病毒及流行性感冒病毒A和B引起的心肌炎较为常见。而埃可病毒，又以病毒组中1-5型为多见。流行性感冒流行时发生的病毒性心肌炎可以高达57%，心肌病变多局限。肝炎病毒也可以引起心肌损害。感染人类艾滋病病毒者，约有10%发生临床上明显的心肌损害，主要表现为心肌炎、心包炎、心内膜炎等。
