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大多数尖锐湿疣凭肉眼可以明确诊断，对于皮损不典型的，可用5%的醋酸溶液涂抹皮损处，3~5分钟后观察有没有变白，变白即为阳性，这是最常用的简便的辅助诊断方法。
但是，在外阴有炎症的情况下，也可以出现假阳性。另外有个别阴性的，也不能完全排除。
还可以通过HPV-DNA分子生物学检测，主要有核酸印迹法、斑点印迹法、组织原位杂交法和聚合酶链反应等，可显示有HPV，还可以检测型别。
另外，还可以通过组织病理检查，典型的表现为角化不全、肌层肥厚、棘细胞层有特征性的凹空细胞。分子生物学检测和病理检查，这两项任何一项都可以确诊尖锐湿疣。
