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第1，发生的部位不同，结膜炎主要发生在白眼珠和眼皮的内面，表现为充血、水肿，眼部分泌物较多。而角膜炎主要发生在黑眼球，伴随有白眼珠的充血，这是第1个方面。
第2个方面，严重程度不同，角膜炎主要表现为眼痛、畏光、流泪，眼睛视力的下降，视物模糊不清楚，甚至睁眼睛不开。结膜炎主要表现为眼部的充血、水肿，分泌物较多。尤其是细菌性的结膜炎，有脓性分泌物，病人视力可以正常或者轻微的下降。就是角膜炎明显严重于结膜炎，这是第2个方面。
第3个方面，预后不一样。角膜炎，由于影响了黑眼珠的透明性，或者是眼珠的穿孔，眼内炎，所以属于致盲性的眼病，可以导致病人的视力的严重的下降，病程比较长，预后一般比结膜炎要差。而结膜炎，病人不影响视力。病人经过积极的治疗，可以完全恢复视力，或者是病情可以痊愈，绝大部分病人的预后都要好于角膜炎。
