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新生儿巨细胞病毒的感染，又分为母亲为原发感染和母亲为再发感染。两者感染不同，导致的新生儿出生时情况，也大为不同。
母亲为原发感染时，绝大多数都会发生流产、死胎、宫内发育迟缓以及早产。出生以后的新生儿，绝大多数出现多系统损伤，以及多器官衰竭。大多于新生儿期死亡，还有些可以延迟到生后第一年死亡。
所以有母亲原发感染时，病情比较严重。母亲为再发感染时，新生儿有绝大部分会没有临床症状。但是会有些亚临床感染病例出现，主要表现为听力受损，智力发育稍稍有损伤。
所以二者主要表现都有肝功能损伤、肝脾大、黄疸以及呼吸窘迫、小头畸形，还有些脑发育不良等。所以新生儿巨细胞病毒感染，是比较严重的临床症状。
