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褪黑素能够缩短入睡的时间，提高睡眠的效率，但是褪黑素也有副作用。
褪黑素常见的副作用是头晕、头痛，有的患者会出现腹部不适的现象，有的患者还会出现白天睡觉的情况。如果大量的服用，还会引起内分泌的失调。
另外，由于褪黑素在肝脏内代谢，并经过肾脏排出体外，所以有严重肝肾功能不全的的患者不能应用褪黑素。
另外，褪黑素还会发生致畸作用，所以妊娠期也不能使用褪黑素。
褪黑素还可以加重阿司匹林导致的副作用，所以应用阿司匹林治疗期间也不能使用褪黑素。
对酒精过敏以及有心脑血管疾病的患者，也不宜使用褪黑素。
