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因为引起闭经的因素比较多，所以应该根据不同的病因，采用不同的治疗。常见的引起闭经的原因包括精神因素、生活方式不当、药物因素，比如长期口服避孕药，抗精神病药。此外疾病的因素也可导致闭经，常见的有下丘脑、垂体、卵巢、子宫的病因等。
此外对于部分内分泌的疾病的患者，比如甲状腺功能亢进或者减退、肾上腺皮质功能亢进、肾上腺皮质肿瘤等，也会引起闭经。
因此这就需要医师对病人进行相关的病史问诊和体格检查，结合一定的实验室检查，比如激素的测定、妊娠试验药物撤退试验等，进行相应的判断。
治疗的方式根据病因的不同，也会采取不同的治疗方式。大部分的患者通过激素疗法，可以恢复正常的月经周期。甲状腺疾病引起的闭经，也可以采用相应的药物治疗。肿瘤或者先天性发育障碍的闭经，可能需要手术。
临床常用治疗闭经的药物包括性激素，比如雌激素补充治疗，雌孕激素人工周期疗法，孕激素疗法。对于有生育要求的患者，还可以考虑促排卵药物。
