秋水仙碱有多种副作用，消化系统方面常见恶心、呕吐、腹痛、腹泻等，胃肠道基础疾病患者更明显；血液系统可能引起骨髓抑制致白细胞、血小板减少，本身有血液系统疾病患者风险增加；神经系统可致周围神经病变，老年人几率相对高；还可能有脱发、发热等少见副作用，过量用可致肝肾功能损害，肝肾功能不全者易蓄积，孕妇及哺乳期女性一般不建议用。
血液系统相关副作用
可能引起骨髓抑制，导致白细胞、血小板减少等。有研究表明，长期或大剂量使用秋水仙碱时，约有5%-10%的患者会出现血液系统异常。比如白细胞计数下降，患者可能会出现容易感染的情况，如频繁感冒、呼吸道感染等，因为白细胞是人体免疫系统的重要组成部分，白细胞减少会使机体的免疫防御功能减弱。对于本身有血液系统疾病的患者，如再生障碍性贫血患者，使用秋水仙碱后血液系统副作用的风险会进一步增加，需要密切监测血常规。
神经系统相关副作用
可引起周围神经病变，表现为手足麻木、刺痛、无力等。据统计，约有3%-5%的患者在使用秋水仙碱后会出现神经系统方面的症状。例如患者会感觉手脚末端有异样的感觉，像蚂蚁爬一样的刺痛感，随着病情进展可能会出现无力，影响肢体的正常活动。老年人由于神经系统本身存在一定的退变，使用秋水仙碱后发生神经系统副作用的几率相对较高，因为其神经系统的代偿能力相对较弱。
其他副作用
还可能出现脱发、发热等少见副作用。此外，秋水仙碱过量使用还可能导致更严重的中毒反应，如肝肾功能损害等。肝肾功能不全的患者在使用秋水仙碱时，由于药物代谢和排泄受到影响，更容易出现药物在体内蓄积，从而增加肝肾功能损害的风险。对于孕妇及哺乳期女性，秋水仙碱可能会通过胎盘或乳汁影响胎儿或婴儿，一般不建议使用，这是因为其对胎儿和婴儿的安全性尚未得到充分验证，可能会对胎儿的发育或婴儿的健康产生不良影响。
