Rett综合征是X连锁显性遗传病，主要致病基因是X染色体上的MECP2基因，其遗传方式为X连锁显性，女性因两条X染色体可能有代偿但仍发病，男性携带致病基因病情更重，MECP2基因多种突变干扰蛋白功能致神经发育异常，发病机制是影响神经元迁移、分化等，出生前半年看似正常后渐现头部生长减缓等症状，不同年龄段表现有差异，女性因X染色体随机失活病情严重程度有个体差异但均与MECP2基因突变致神经功能异常密切相关。
遗传方式及基因特点
X连锁显性遗传：女性体细胞中有两条X染色体，男性只有一条X染色体。由于女性有两条X染色体，即使其中一条携带致病基因，另一条正常的X染色体可能在一定程度上起到代偿作用，但仍会发病；而男性若携带该致病基因，由于只有一条X染色体，往往病情更为严重。MECP2基因发生突变后，会影响神经元的正常功能，导致神经系统发育出现异常等一系列病理改变。例如，大量研究发现MECP2基因存在多种类型的突变，包括错义突变、无义突变、剪接突变等，这些突变都会干扰基因编码蛋白质的正常功能，进而引发Rett综合征的相关临床表现。
发病机制与临床关联
神经系统发育受影响：在胚胎发育及出生后的生长发育过程中，由于MECP2基因异常，影响神经元的迁移、分化以及突触的形成等过程。患儿在出生后的前半年通常发育看似正常，但之后会逐渐出现头部生长减缓、语言发育停滞、手部运动异常（如洗手样动作等）、社交障碍等典型的Rett综合征症状。不同年龄段的患儿，由于神经系统发育受影响的阶段不同，临床表现会有差异，年龄较小的患儿可能更侧重于运动发育和语言发育方面的异常，而年龄较大的患儿在认知、社交等方面的障碍会更为突出。对于女性患儿，因为X染色体随机失活等因素，病情严重程度可能存在个体差异，但总体都与MECP2基因的突变导致的神经功能异常密切相关。
