小儿发烧40度本身一般不会直接“烧坏脑袋”，但高热可能引发其他问题。
人体的大脑有血脑屏障的保护，一般的发热（包括40度的高热）通常不会直接导致脑细胞损伤，即不会“烧坏脑袋”。发烧是机体对感染等刺激的一种免疫反应，体温升高有助于增强白细胞的吞噬能力，抑制病原体的生长繁殖。
然而，40度的高热可能使小儿出现烦躁不安、食欲减退、脱水等不适症状，且对于6个月至5岁的小儿，高热可能诱发惊厥（高热惊厥），表现为突然发作的全身性或局限性肌群强直性和阵挛性抽搐，多数情况下惊厥持续时间较短，一般不会对大脑造成永久性损伤，但频繁或长时间的高热惊厥可能增加癫痫的发病风险。此外，导致小儿发烧40度的原因可能是一些严重的疾病，如化脓性脑膜炎、脑炎等，这些疾病本身会侵犯神经系统，如果不及时治疗，可能会遗留智力低下、运动障碍等后遗症，而不是发烧本身导致的。
