宝宝打疫苗后发烧39度，可按以下步骤处理：一是观察宝宝状态，精神好可能是正常反应，若有精神萎靡等症状应立即就医；二是采取降温措施，包括物理降温（湿毛巾敷额头、温水擦拭大血管丰富部位、洗温水澡）和在医生指导下药物降温（小于3个月婴儿发热不建议自行用药）；三是保证水分和营养摄入，多喂水、提供清淡易消化食物；四是营造舒适环境，控制室内温湿度，让宝宝穿宽松透气衣物；五是特殊情况处理，有高热惊厥史体温达38℃应积极降温并就医，持续发烧超24小时、体温持续39℃及以上或反复升高应及时就诊。
一、观察宝宝状态
宝宝打疫苗后发烧39度，首先要密切观察其精神状态、食欲、睡眠以及是否有其他伴随症状。若宝宝精神状态较好，能正常玩耍、进食和睡眠，可能为疫苗接种后的正常反应。但如果宝宝精神萎靡、哭闹不止、拒食、呼吸急促或伴有抽搐、呕吐、腹泻等症状，应立即就医。
二、采取降温措施
1.物理降温：可采用湿毛巾敷额头的方法，将毛巾用温水浸湿后拧至半干，敷在宝宝前额，每510分钟更换一次。也可用温水擦拭宝宝的颈部、腋窝、腹股沟等大血管丰富的部位，通过水分蒸发带走热量，每次擦拭时间约1015分钟。还可以给宝宝洗温水澡，水温控制在37℃左右，洗澡时间不宜过长，一般510分钟即可。
2.药物降温：若物理降温效果不佳，宝宝因发热而明显不适，可在医生指导下使用儿童适用的退烧药。但小于3个月的婴儿发热时不建议自行使用退烧药，应及时就医。
三、保证水分和营养摄入
发烧会使宝宝体内水分散失增多，因此要多给宝宝喂水，可少量多次饮用，以防止脱水。同时，要保证宝宝的营养摄入，根据宝宝的月龄和饮食习惯，提供清淡、易消化的食物，如米粥、面条、果泥等。
四、营造舒适的环境
保持室内温度适宜，一般控制在2224℃，湿度保持在50%60%。让宝宝穿着宽松、透气的衣物，利于散热。
五、特殊情况处理
1.若宝宝既往有高热惊厥史，当体温达到38℃时就应积极采取降温措施，并及时就医。
2.如果宝宝持续发烧超过24小时，体温持续在39℃及以上，或体温下降后又反复升高，应及时带宝宝到医院就诊，以排除其他疾病的可能。
