肠结核有消化系统症状如右下腹腹痛、腹泻与便秘交替、右下腹腹部肿块；有全身症状如低热盗汗等结核毒血症状、消瘦乏力贫血；还有其他表现如消化道外结核表现及晚期肠梗阻等并发症表现，不同人群在各症状上可能有差异。
一、消化系统症状
1.腹痛：多位于右下腹，因肠结核好发于回盲部。疼痛性质多样，可为隐痛或钝痛，有时在进食后加重，这是因为进食会引起胃肠蠕动增加，刺激病变部位。部分患者可表现为腹部绞痛，常由回盲部病变引起肠管痉挛所致。
2.腹泻与便秘交替：溃疡型肠结核时，肠道功能紊乱较为明显，粪便多呈糊样，一般无脓血，腹泻是由于肠黏膜炎症和溃疡导致肠道吸收功能障碍以及肠道运动功能紊乱引起。而增生型肠结核多以便秘为主要表现，这是因为增生型病变使肠腔狭窄，肠内容物通过受阻。不同年龄人群表现可能有差异，儿童肠结核腹泻相对更为常见，可能与儿童肠道功能发育及病变对肠道影响的特点有关；老年人可能因肠道蠕动功能本身较弱等因素，腹泻与便秘交替表现可能不如年轻人典型。
3.腹部肿块：多位于右下腹，质中等硬、可有轻压痛，见于增生型肠结核，是由于大量结核肉芽肿和纤维组织增生导致肠壁增厚形成肿块。
二、全身症状
1.发热：多数患者有低热、盗汗等结核毒血症状，呈午后低热，体温一般在37.5-38℃之间，这是因为结核分枝杆菌感染后，机体的免疫反应导致体温调节中枢功能紊乱。部分患者可呈弛张热或稽留热，儿童患者发热相对更为常见且热型可能不太规则，可能与儿童机体免疫力相对较低，对结核分枝杆菌感染的反应更为明显有关。
2.消瘦、乏力、贫血：由于结核分枝杆菌感染是慢性消耗性疾病，长期的炎症反应及营养吸收障碍等导致患者出现消瘦，体重逐渐下降；乏力是因为机体处于消耗状态，能量供应不足；贫血可因长期慢性失血（如肠道小量出血等）或营养不良性贫血，尤其是女性患者可能因营养状况等因素影响，贫血表现可能相对更易出现。
三、其他表现
1.消化道外结核表现：如果患者有其他部位的结核，如肺结核等，可伴有相应表现，如肺结核患者可有咳嗽、咳痰、咯血等症状。不同生活方式人群，如有吸烟史者可能因吸烟影响呼吸道抵抗力，更容易合并肺结核等消化道外结核。
2.并发症表现：晚期患者可出现肠梗阻等并发症，表现为腹痛加剧、呕吐、停止排气排便等。老年人因肠道功能本身相对较弱，发生肠梗阻等并发症时可能症状不典型，需特别警惕。
