乳糖不耐受会带来多方面影响，在营养吸收方面，会致肠道菌群失衡，间接影响钙等矿物质及蛋白质等营养吸收，儿童生长发育受影响，老年人加重骨质疏松；在胃肠道不适症状上，可引发腹泻（严重时致脱水等）、腹胀（影响食欲）、腹痛（影响日常活动等）；还会带来心理及社会生活影响，长期不适致焦虑抑郁等，影响社交和工作生活，儿童、女性等受影响更甚。
胃肠道不适症状
1.腹泻：乳糖不耐受者摄入含乳糖的食物后，未被消化的乳糖进入大肠，被肠道细菌发酵分解，产生大量气体和酸性物质，刺激肠道蠕动加快，导致腹泻。腹泻严重时会引起脱水、电解质紊乱等问题，儿童的身体调节能力相对较弱，更容易出现脱水等严重后果；老年人则可能因脱水引发心脑血管方面的并发症等。
2.腹胀：未消化的乳糖在肠道内被细菌发酵产生大量气体，积聚在肠道内引起腹胀。长期腹胀会影响患者的食欲，导致进食量减少，进而影响整体营养状况。对于生活方式较为sedentary（久坐）的人群，本身肠道蠕动就相对较慢，乳糖不耐受引起的腹胀可能会加重肠道不适的感觉。
3.腹痛：肠道内气体积聚、蠕动异常等因素可导致腹痛，疼痛程度因人而异，可能会影响患者的日常活动和工作学习。有既往胃肠道病史的人群，如曾患有胃炎、肠炎等疾病，乳糖不耐受引起的腹痛可能会诱发原有疾病的复发或加重病情。
心理及社会生活影响
长期受乳糖不耐受相关胃肠道不适症状的困扰，可能会导致患者出现焦虑、抑郁等心理问题。例如，因频繁出现腹泻、腹胀等症状，患者可能会担心影响社交活动，进而产生自卑、孤僻等心理状态，影响正常的社会交往和工作生活。对于儿童患者，可能会因为身体不适而在学校等社交场合受到影响，进而影响其心理发展和学习状态；对于女性患者，可能会在社交聚餐等场合因担心乳糖不耐受的症状而有所顾虑，影响人际关系。
