心内膜炎主要由病原微生物感染心内膜引发，细菌是最常见致病微生物，草绿色链球菌常致亚急性感染性心内膜炎，金黄色葡萄球菌多引急性感染性心内膜炎，细菌可经血流直接感染有异常心内膜表面的心脏，儿童先心病患者、有基础心脏病史及不同生活方式的人群感染风险有别；长期用广谱抗生素、免疫抑制剂或静脉吸毒者易发生真菌性心内膜炎，白色念珠菌等常见，立克次体、衣原体等少见微生物也可引发，有免疫功能低下病史人群感染风险高，其引发是多种因素综合作用，了解因素助早期预防诊断。
细菌感染：
常见致病菌：草绿色链球菌是引起亚急性感染性心内膜炎的常见病原菌，约占半数以上。而急性感染性心内膜炎主要由金黄色葡萄球菌引起，占50%以上。另外，肠球菌、革兰阴性杆菌等也可导致心内膜炎。例如，在一些牙科操作后，草绿色链球菌可能会侵入血流并附着在有病变的心脏瓣膜上引发感染；金黄色葡萄球菌可通过皮肤创伤等途径进入血流，若心脏存在基础病变，就易定植于心内膜导致感染。
感染途径：细菌可通过血流直接感染心内膜，如患者存在皮肤破损、呼吸道感染等情况时，病原菌进入血流，当心脏存在异常的心内膜表面（如原有瓣膜病、先天性心脏病导致的异常血流通道等）时，病原菌就会附着并繁殖引发感染。年龄因素上，儿童先天性心脏病发生率相对较高，若存在先天性心脏病基础，更易因血流异常导致细菌附着引发心内膜炎；性别方面无明显特异性差异，但不同性别可能因生活方式不同导致感染风险略有不同，比如男性若有更多口腔侵入性操作等情况，感染风险可能稍高；有基础心脏病史的人群，如患有风湿性心脏病、先天性心脏病等，心内膜存在结构异常，更容易成为细菌定植的部位，从而引发心内膜炎。
真菌及其他微生物感染：
真菌：在长期使用广谱抗生素、免疫抑制剂或静脉吸毒者中易发生真菌性心内膜炎，常见的真菌有白色念珠菌、曲霉菌等。例如，长期使用抗生素导致体内菌群失调，白色念珠菌大量繁殖，若侵入血流并到达心脏，就可能感染心内膜。对于长期使用免疫抑制剂的患者，如器官移植后患者，由于免疫功能受抑制，对真菌的抵抗力下降，更容易遭受真菌的心内膜感染。
其他微生物：立克次体、衣原体等也可引起心内膜炎，但相对少见。其感染途径多是通过血液循环到达心脏，当心脏存在病变时定植于心内膜引发炎症反应。病史方面，有免疫功能低下相关病史的人群，如患有艾滋病等，由于免疫功能缺陷，对这类少见病原体的抵御能力降低，感染心内膜炎的风险增加。
心内膜炎的引发是多种因素综合作用的结果，了解其引发因素有助于早期预防和诊断心内膜炎。
