乳糖不耐受可致消化系统出现腹泻（摄入含乳糖食物后数小时现水样便）、腹胀（未消化乳糖发酵产气积聚引发）、腹痛（未消化乳糖致肠道蠕动加快或气体刺激神经），还可致全身恶心呕吐，婴幼儿不耐受会影响生长发育致体重增长缓慢，成人症状因饮食生活方式有差异，素食或严控乳糖摄入者症状轻，常摄乳制品者一次性摄入多含乳糖食物症状明显且影响饮食选择和生活质量。
一、消化系统相关症状
1.腹泻：较为常见的症状，多表现为水样便，排便次数因个体乳糖不耐受程度及乳糖摄入量而异，一般在摄入含乳糖食物后数小时内出现腹泻症状，这是由于乳糖不能被充分消化吸收，在肠道内被细菌发酵分解，导致肠道渗透压改变，水分进入肠腔引起腹泻。
2.腹胀：肠道内未被消化的乳糖经细菌发酵会产生气体，气体在肠道内积聚可引发腹胀感，患者自觉腹部胀满不适。
3.腹痛：多为腹部痉挛性疼痛，是因为未消化的乳糖导致肠道蠕动加快或气体积聚刺激肠道神经引起，疼痛程度可轻可重。
二、全身反应相关症状
部分人群可能出现恶心，严重时可能伴随呕吐，这是由于肠道不适引发的全身性反应，是机体对乳糖不耐受导致肠道功能紊乱的一种表现。
三、特殊人群表现差异
1.婴幼儿：乳糖是婴幼儿重要的营养来源，婴幼儿乳糖不耐受时除上述消化系统症状外，还可能影响生长发育，长期乳糖不耐受会导致营养吸收不良，表现为体重增长缓慢等情况，因为乳糖不能被有效利用来提供能量和支持机体正常生长。
2.成人：成人乳糖不耐受症状表现因个体饮食生活方式不同有差异，比如素食者或严格控制乳糖摄入的人群，因日常乳糖摄入量少，症状相对较轻；而经常摄入乳制品的人群，若一次性摄入较多含乳糖食物，症状可能更明显，且可能因乳糖不耐受影响饮食选择和生活质量。
