乳糖不耐受可致消化系统出现腹泻（摄入含乳糖食物后0.5~2小时内现水样便，因乳糖酶缺乏未分解乳糖使肠道渗透压增高水分吸收减少引发，婴幼儿腹泻频繁可影响营养吸收及生长发育）、腹胀（未消化乳糖被细菌发酵产气致肠道气体积聚腹部胀满）、腹痛（肠道气体积聚或蠕动紊乱刺激肠道神经引发），还可能有恶心（肠道异常消化刺激胃肠道致恶心可伴随不适反应出现），特殊人群中婴幼儿需关注体重增长因长期腹泻影响营养吸收致生长发育偏离，成年人则因症状反复影响生活质量及饮食选择。
一、消化系统相关症状
1.腹泻：多表现为水样便，一般在摄入含乳糖食物后0.5~2小时内出现，这是由于乳糖不耐受者体内乳糖酶缺乏，无法将乳糖分解为葡萄糖和半乳糖，未被分解的乳糖进入结肠后被肠道细菌发酵，使肠道渗透压增高，水分吸收减少从而引发腹泻。婴幼儿乳糖不耐受时腹泻可能较为频繁，若不及时处理可能影响营养吸收及生长发育。
2.腹胀：未被消化的乳糖在肠道内被细菌发酵会产生气体，导致肠道内气体积聚，进而引起腹部胀满感，部分患者腹胀感较明显，影响日常生活舒适度。
3.腹痛：肠道内气体积聚或肠道蠕动紊乱等因素可能刺激肠道神经，引发腹部疼痛，疼痛程度个体差异大，有的患者表现为轻微隐痛，有的可能为较明显的胀痛。
二、其他可能症状
部分患者可能出现恶心症状，这是因为肠道内异常的消化过程刺激胃肠道，导致恶心感觉，通常与胃肠道的不适反应相关，可能在腹泻、腹胀等症状出现的同时或前后发生。对于特殊人群，如婴幼儿乳糖不耐受，除上述消化系统症状外，还需密切关注其体重增长情况，因长期腹泻等可能影响营养物质吸收，导致生长发育偏离正常轨迹；成年人乳糖不耐受者若因工作等原因需频繁摄入含乳糖食物，可能因症状反复出现而影响生活质量及饮食选择。
