小儿感染性心内膜炎主要由病原微生物感染引起，常见病原体有细菌、真菌、立克次体、衣原体等，细菌中草绿色链球菌、金黄色葡萄球菌常见，感染途径包括呼吸道感染后细菌入血、皮肤黏膜损伤致细菌入血；免疫低下小儿易发生真菌感染；立克次体等感染较少见，其发生与小儿心脏基础状况及免疫功能状态密切相关，有基础病变及免疫低下小儿易发病，需注意增强小儿体质，对有基础病变小儿加强监测。
细菌感染：
常见致病菌：草绿色链球菌是小儿感染性心内膜炎较常见的致病菌，约占50%-60%。另外，金黄色葡萄球菌也是重要的致病菌，尤其是在有基础心脏病变或近期有侵入性操作的小儿中易感染。例如，当小儿存在先天性心脏病（如室间隔缺损、法洛四联症等）时，心脏内膜的结构异常，为细菌的附着和繁殖提供了有利条件，金黄色葡萄球菌等细菌容易在此定植引发感染性心内膜炎。
感染途径：细菌可通过血流到达心脏内膜引起感染。常见的感染途径包括呼吸道感染后，细菌进入血流，如小儿患肺炎后，肺炎链球菌等可进入血液循环，若心脏存在易感因素则可能引发心内膜感染；另外，皮肤黏膜的损伤也可使细菌侵入血流，如小儿皮肤有创伤、进行有创操作（如导管置入等）时，细菌经损伤处进入血流，进而定植于心脏内膜。
真菌感染：在免疫功能低下的小儿中较为常见，如长期使用广谱抗生素、糖皮质激素或存在先天性免疫缺陷的小儿。白色念珠菌是常见的致病真菌，小儿接受心脏手术或长期住院接受侵袭性治疗时，容易受到真菌感染而引发感染性心内膜炎。例如，接受心脏移植术后的小儿，由于需要长期使用免疫抑制剂来防止排斥反应，其机体免疫力下降，真菌感染的风险增加，白色念珠菌等真菌可能侵犯心脏内膜导致感染性心内膜炎。
其他病原体感染：立克次体、衣原体等感染也可引起小儿感染性心内膜炎，但相对较少见。例如，某些立克次体感染可通过蜱虫等媒介传播，病原体进入小儿体内后，可经血流到达心脏，引发心内膜的感染。对于有蜱虫叮咬史且出现发热、心脏相关症状的小儿，需考虑立克次体感染导致感染性心内膜炎的可能。
小儿感染性心内膜炎的发生与小儿自身的心脏基础状况密切相关，有先天性心脏病等基础心脏病变的小儿更容易受到病原微生物的侵袭而发病。同时，小儿的免疫功能状态也起到重要作用，免疫功能低下的小儿抵御病原体感染的能力较弱，更易发生感染性心内膜炎。在生活中，应注意增强小儿的体质，减少感染的机会，对于有基础心脏病变的小儿要加强监测，一旦出现发热、心脏杂音改变等可疑症状，应及时就医进行相关检查，以便早期发现和治疗小儿感染性心内膜炎。
