感染性心内膜炎有多种临床症状，全身性感染表现有发热、乏力、盗汗；心脏相关表现有心脏杂音、心力衰竭；栓塞表现有脑栓塞、肺栓塞、外周动脉栓塞；其他表现有皮肤黏膜表现、免疫系统表现，不同年龄段患者各症状表现有差异，有基础疾病等情况时表现可能不典型或更复杂。
发热：是最常见的症状，几乎所有患者都会出现，热型多样，可为持续性低热，也可为间歇性或弛张性高热，体温一般在37.5~39℃之间，部分患者体温可更高。不同年龄段患者发热表现可能有所不同，儿童患者发热相对更常见且热型可不典型，这与儿童免疫系统发育尚未完善，感染后反应相对更剧烈有关；老年患者发热可能不显著，需警惕因机体反应性差而被忽视。生活方式健康与否对发热影响不大，但有基础疾病如糖尿病等的患者，因免疫力相对较低，感染性心内膜炎时发热可能更难控制，且易反复。
乏力、盗汗：患者常感全身疲倦、无力，活动耐力明显下降，夜间睡眠时易出现盗汗现象，表现为睡眠中出汗较多，醒来后汗液浸湿衣物等。这是由于感染引起机体代谢紊乱，消耗增加，能量供应相对不足所致。
心脏相关表现
心脏杂音：几乎所有感染性心内膜炎患者都会出现心脏杂音，多是由于赘生物导致瓣膜病变，引起瓣膜关闭不全或狭窄，从而产生异常杂音。原有心脏瓣膜病的患者，感染性心内膜炎发生时杂音性质可发生改变，新出现的杂音也提示可能存在心内膜炎。例如，原本有二尖瓣关闭不全的患者，杂音可能变得更粗糙、响亮等。
心力衰竭：是感染性心内膜炎的严重并发症之一，随着病情进展，赘生物阻塞瓣膜口、心肌脓肿等可导致瓣膜功能严重受损，引起心力衰竭。表现为呼吸困难（劳力性呼吸困难、夜间阵发性呼吸困难等）、水肿（下肢水肿、腹水等）、乏力等。老年人本身心脏功能储备较差，发生心力衰竭时症状可能更不典型，易被误认为是其他老年常见疾病，如慢性支气管炎、冠心病等；儿童患者发生心力衰竭时，可能出现喂养困难、生长发育迟缓等表现，因为儿童处于生长发育阶段，心脏功能受损会影响其正常的生理发育。
栓塞表现
脑栓塞：可出现神经系统症状，如偏瘫、失语、意识障碍等。栓子来源于心腔内的赘生物，当赘生物脱落随血流进入脑动脉，阻塞脑血管时就会引起相应的脑功能障碍。不同年龄段脑栓塞表现有所差异，儿童脑栓塞相对少见，但一旦发生，由于其神经系统发育尚未成熟，恢复可能相对复杂；老年患者脑栓塞后恢复能力较差，且易合并其他基础疾病，预后相对不佳。
肺栓塞：表现为胸痛、咯血、呼吸困难等。栓子到达肺部血管引起阻塞，影响肺的通气和换气功能。有长期吸烟史或慢性肺部疾病的患者，发生肺栓塞时症状可能不典型，因为其本身就存在肺部基础病变，需仔细鉴别。
外周动脉栓塞：可出现相应动脉供血区域的缺血表现，如肢体疼痛、皮肤苍白、温度降低、动脉搏动减弱或消失等。例如，肠系膜动脉栓塞可引起腹痛、便血等症状。
其他表现
皮肤黏膜表现：部分患者可出现瘀点，多见于锁骨以上皮肤、口腔黏膜及睑结膜等部位，呈针尖大小，压之不褪色；还可出现Osler结节，为指（趾）垫出现的豌豆大小的红紫色痛性结节，多见于感染亚急性者；Janeway损害为手掌和足底处直径1~4mm的无痛性出血红斑，多见于急性患者。儿童患者皮肤黏膜表现可能不如成人典型，需要医生仔细观察；老年患者皮肤黏膜因老化等因素，瘀点等表现可能不明显，易被忽视。
免疫系统表现：部分患者可出现脾大，急性者较少见，亚急性者多见；还可能出现肾小球肾炎等免疫复合物介导的病变，表现为蛋白尿、血尿等。
