慢性再生障碍性贫血的发病机制涉及造血干细胞缺陷、造血微环境异常和免疫异常。造血干细胞存在数量减少和质的异常；造血微环境中骨髓基质细胞功能改变且细胞外基质成分变化；免疫方面T淋巴细胞功能异常且细胞因子网络失衡，不同年龄、性别、生活方式等因素对各机制环节有不同影响。
一、造血干细胞缺陷
干细胞数量减少：慢性再生障碍性贫血患者造血干细胞的数量存在减少的情况。研究表明，通过对患者骨髓造血干细胞进行检测发现，其干细胞的绝对数量低于正常人群。从年龄因素来看，不同年龄段的患者可能由于自身干细胞更新能力等差异，导致数量减少的程度有所不同；对于有特定病史的患者，比如曾有过影响干细胞的疾病或接触过某些有害物质，可能会进一步加重干细胞数量的减少。
干细胞质的异常：除了数量问题，干细胞的质量也存在异常。其增殖分化能力下降，不能正常分化为各种血细胞前体细胞。在性别方面，男性和女性患者可能在干细胞的质的异常表现上没有明显性别差异，但在治疗反应等方面可能因身体整体状况不同而有差异；生活方式上，长期不良生活方式可能会影响干细胞的质，比如长期熬夜、过度劳累等可能使干细胞的功能进一步受损。
二、造血微环境异常
骨髓基质细胞功能改变：骨髓基质细胞是造血微环境的重要组成部分，其功能发生改变。基质细胞分泌的多种造血生长因子减少，如促红细胞生成素（EPO）、粒细胞集落刺激因子（G-CSF）等。年龄较大的患者骨髓基质细胞的功能可能随年龄增长而自然衰退，而有骨髓炎等病史的患者可能因炎症等因素导致基质细胞功能改变；性别对骨髓基质细胞功能影响不大，但不同性别患者整体健康状态不同可能间接影响其功能。
细胞外基质成分变化：细胞外基质的成分也会发生变化，影响造血干细胞的生长、增殖和分化。例如基质中的纤维连接蛋白等成分含量和结构改变，不利于造血干细胞在骨髓微环境中的定位和发育。在生活方式方面，长期吸烟等可能影响细胞外基质的代谢，进而影响造血微环境；对于儿童患者，良好的生活方式有助于维持正常的细胞外基质成分，促进造血微环境稳定。
三、免疫异常
T淋巴细胞功能异常：T淋巴细胞在慢性再生障碍性贫血的免疫异常中起重要作用。CD8T细胞功能亢进，过度活化的T细胞会分泌过多的细胞毒性因子等，抑制造血干细胞的增殖分化。不同年龄的患者，其T淋巴细胞的免疫调节功能有差异，儿童的免疫系统尚在发育中，可能免疫异常表现与成人有所不同；有自身免疫性疾病病史的患者，其T淋巴细胞功能异常可能更明显，需要特别关注免疫调节相关治疗。
细胞因子网络失衡：多种细胞因子之间的网络失衡。例如Th1/Th2细胞因子平衡失调，Th1细胞相关细胞因子增多，Th2细胞相关细胞因子减少，影响造血微环境和造血干细胞的功能。性别对细胞因子网络失衡的影响不显著，但不同性别患者对细胞因子治疗的反应可能因体内激素等因素不同而有差异；年龄较大的患者由于身体各系统功能衰退，细胞因子网络失衡可能更难纠正，需要综合考虑多方面因素进行干预。
