胆管扩张症具体病因未完全明确，主要与先天性发育异常（包括胆管壁肌层和弹力纤维发育缺陷、胆胰管合流异常）、遗传因素、胆管感染、胆管内压力异常等因素相关。
一、先天性发育异常
1.胆管壁肌层和弹力纤维发育缺陷
在胚胎发育过程中，胆管的肌层和弹力纤维发育出现缺陷是导致胆管扩张症的重要先天性因素。正常胆管的结构需要依赖完整的肌层和弹力纤维来维持正常的胆管张力和形态。如果这些结构发育不完善，就容易导致胆管局部薄弱，进而在胆管内压力的作用下发生扩张。例如，胚胎期胆管上皮细胞增殖与胆管空化过程异常，会影响胆管壁的正常构建，使得胆管壁的抗张力能力下降，为胆管扩张的形成埋下隐患。
这种先天性的发育异常在不同年龄阶段的人群中都可能存在，但由于胚胎发育的关键时期是在妊娠早期，所以从胎儿时期就可能已经存在潜在的病理基础，只是在出生后随着生长发育过程中胆管内压力的变化等因素才逐渐表现出胆管扩张的临床症状。
2.胆胰管合流异常（MPCJ）
胆胰管合流异常是胆管扩张症最常见的病因之一，约见于80%-90%的胆管扩张症患者。正常情况下，胆总管和胰管在十二指肠壁内有一段共同的通道，然后分别开口于十二指肠。而当胆胰管合流异常时，胰管与胆总管在十二指肠外合流，胰液可反流入胆管。由于胰液内的胰酶等物质会损伤胆管上皮，长期的胰液反流会导致胆管壁炎症、纤维组织增生等病变，进而引起胆管扩张。
不同性别和年龄的人群都可能发生胆胰管合流异常，但在儿童和青少年中相对更为常见。对于女性来说，胆胰管合流异常导致胆管扩张症的发病情况可能与男性无明显差异，但女性在妊娠等生理状态下，由于体内激素等变化可能会影响胆管的功能，从而对胆管扩张症的发生发展产生一定影响。例如，妊娠期间激素水平的改变可能会加重胆胰管合流异常所导致的胆管内环境紊乱，增加胆管扩张症相关并发症的发生风险。
二、遗传因素
部分胆管扩张症患者存在遗传易感性。研究发现，一些基因的突变与胆管扩张症的发生相关。例如，有研究表明某些与胆管发育、细胞外基质代谢等相关的基因发生突变时，会增加胆管扩张症的发病几率。不过，遗传因素在胆管扩张症发病中所占的具体比例以及不同基因与胆管扩张症的具体关联机制还在进一步的研究中。而且遗传因素的影响在不同家族、不同个体中存在差异，有些家族中可能有多个成员患胆管扩张症，提示遗传因素在其中起到了重要作用，但并不是所有携带相关突变基因的个体都会发病，还可能受到环境等其他因素的综合影响。
三、其他因素
1.胆管感染
胆管感染也可能是胆管扩张症的诱发因素之一。反复的胆管感染会导致胆管壁的炎症反应，炎症刺激会使胆管壁组织发生一系列病理改变，如水肿、纤维组织增生等，长期的炎症刺激可能会破坏胆管壁的正常结构和功能，从而促使胆管扩张的发生。例如，细菌等病原体感染胆管后，会引发炎症级联反应，释放多种炎症介质，这些介质会损伤胆管上皮细胞，影响胆管的正常生理功能，进而可能导致胆管扩张。
不同年龄的人群都可能发生胆管感染，但儿童由于免疫系统发育尚未完善，相对更容易发生胆管感染，从而增加了胆管扩张症的发病风险。对于女性来说，在月经周期、妊娠、哺乳期等特殊生理时期，机体的免疫状态可能会发生变化，也可能影响胆管对感染的易感性，进而与胆管扩张症的发生有一定关联。
2.胆管内压力异常
胆管内压力异常升高也是导致胆管扩张症的一个因素。无论是先天性发育异常导致的胆管局部狭窄，还是其他原因引起的胆管流出道梗阻，都可能导致胆管内压力升高。长期的高压环境会使胆管逐渐扩张。例如，先天性胆管狭窄会阻碍胆汁的正常排出，使得胆管内压力不断增高，随着时间的推移，胆管就会发生扩张。不同年龄和性别的人群都可能因为胆管内压力异常而引发胆管扩张症，但在儿童中，由于先天性胆管狭窄等先天性因素导致胆管内压力异常的情况相对较多见，而在成年人群中，其他后天因素如胆管结石、胆管肿瘤等引起胆管流出道梗阻进而导致胆管内压力升高的情况可能更为常见。
