女性感染HPV病毒可能并无明显症状，但在引起宫颈癌、尖锐湿疣、皮肤疣等疾病后则可出现不适症状，而且症状存在明显差异。其中宫颈癌患者在早期并无明显的不适症状，但随病情发展后，患者可出现接触性出血，阴道内分泌物也可明显增多，晚期则可因肿瘤组织累及周边脏器组织出现下腹部坠胀疼痛、尿频、尿急、肛门坠胀等症状，严重者甚至可并发输尿管梗阻、肾盂积水。尖锐湿疣会出现大小阴唇、阴道口、阴蒂、阴道、宫颈、会阴及肛周部位有淡红色的软质小颗粒，后续或可见疣状物增多、增大。皮肤疣患者则在皮肤表面发现有黄豆大小的灰褐色、棕色、皮色硬质丘疹，同时也可在疣状物表面发现有黑点。
