细菌性痢疾和疟疾的区别为病因不同、症状不同、治疗方法不同等。
1、病因不同：细菌性痢疾主要是感染志贺菌所致，可侵犯肠道黏膜引起炎症反应。疟疾是由于疟原虫先侵入肝脏后发育与繁殖，之后再侵入红细胞，随后引起红细胞成批破裂所致。
2、症状不同：细菌性痢疾的典型症状为发热、腹泻、腹痛、排黏液脓血便和里急后重等。疟疾的主要症状为寒战、高热、头痛、大量出汗、全身酸痛和乏力等。
3、治疗方法不同：细菌性痢疾需要使用喹诺酮类、头孢菌素类、大环内酯类等药物治疗；疟疾需使用青蒿素及其衍生物、喹啉衍生物、抗叶酸类药物等进行治疗。
