先天性无阴道、无子宫的根本原因是胚胎发育异常，另外母体服用致畸药物、接触有害物品等因素会增加胎儿发育异常的风险。
1、胚胎发育异常：在胚胎发育时期，受胚胎质量影响或母体影响等导致两侧副中肾管中段及尾段未发育和会合，会形成先天性无阴道、无子宫的现象。
2、母体服用致畸药物：母亲在怀孕期间服用对胎儿发育有不良影响的药物，会导致胚胎发育异常，引起先天性无阴道、无子宫。
3、接触有害物质：母亲在怀孕期间长时间处在污染的环境中，或者接触过多放射性物质，会导致胚胎发育异常，胎儿出生后会出现先天性无阴道、无子宫的现象。
