复杂性肛瘘可以通过一般治疗、药物治疗、手术治疗等方法处理。
1、一般治疗
患者需要养成良好的生活习惯，改善饮食结构、定时排便，并在排便后使用温水坐浴，尽量保持肛门清洁，有预防感染的作用。
2、药物治疗
如果患者局部出现疼痛、红肿、流脓等现象，可以使用高锰酸钾或者温水坐浴后，再在局部敷莫匹罗星、红霉素、甲硝唑等软膏，有控制感染以及缓解症状的作用。
3、手术治疗
由于复杂性肛瘘具有特殊的病理背景，患者需要在术前充分评估术后肛门功能恢复、肛瘘复发风险，只有少数人可以接受手术治疗。若手术预期效果差者，可选择带瘘生活。
