肠道菌群失调症的诊治包含诊断与治疗，诊断依据包括病史、临床表现、实验室检查结果等。
1、病史
如果患者存在应用抗生素或免疫抑制剂、不良饮食习惯和应激状态等能引起肠道微生态失衡的病史，可出现肠道菌群失调症。
2、临床表现
若出现腹胀、腹泻、腹部不适或者腹痛等症状，应该高度怀疑肠道菌群失调症，需要做进一步检查。
3、实验室检查结果
如粪便常规检查、粪便菌群涂片或者培养检查等，发现菌群的类型和数量异常，结合病史和症状，可诊断为肠道菌群失调症。
肠道菌群失调症治疗方法包括一般治疗、药物治疗、手术治疗等。
1、一般治疗
患病期间应该适当补充水分和盐，以免水、电解质紊乱。如果患者伴随营养不良，应该及时补充营养，适当增加富含膳食纤维的食物，可增强肠黏膜的屏障防御功能。
2、药物治疗
腹泻症状明显者可以使用蒙脱石散、洛哌丁胺、生长抑素等药物治疗，有止泻的作用。必要时可以使用双歧杆菌、乳酸菌和地衣芽孢杆菌等活菌制剂辅助治疗，有调节菌群的作用。
3、手术治疗
如果患者合并中毒性巨结肠、肠穿孔和严重的外伤等情况，可以视情况选择手术治疗。
