治疗梗阻性肾病最理想的方法是去除梗阻病因，若梗阻尚未造成严重的不可恢复的肾脏损害，则去除病因后效果良好。在情况紧急或梗阻原因不可能去除时，应在梗阻部位以上行造瘘手术。梗阻并发感染时，不仅感染难以控制，并可加速泌尿系功能损害，除选择有效的抗菌药物以外，最根本的是设法去除梗阻的原因。如感染严重或出现败血症时，应立即在梗阻以上引流尿液，甚至急诊切除病肾。肾梗阻性疾病已造成肾功能衰竭甚至无尿时，一般认为无需急诊手术，可以应用透析疗法使患者一般情况改善，查明病因后再进行合理的治疗。一般认为，一周以内的完全性梗阻解除后，肾脏可完全恢复其原有功能，超过一周的完全梗阻，在解除后即难以全部恢复。完全梗阻2周，在解除梗阻后3~4个月内，肾小球滤过率仅能恢复至70%。4周以上的完全梗阻，在解除后，其肾小球滤过率仅能恢复至30%。超过6周的完全性梗阻即使解除梗阻，肾功能极难恢复。超过8周则肾功能几乎完全丧失。
