1.去除结石：如果结石较小，可以通过多喝水、服用药物或体外冲击波碎石等方法将结石排出。如果结石较大，则需要进行手术治疗，如经皮肾镜取石术或输尿管镜碎石取石术等。
2.保护肾功能：如果肾萎缩已经发生，需要采取措施保护肾功能。可以使用一些药物，如血管紧张素转换酶抑制剂或血管紧张素受体拮抗剂，来降低血压和减少尿蛋白。此外，还需要控制血糖、血脂等危险因素，以减缓肾功能的恶化。
3.定期复查：肾萎缩的治疗需要长期进行，患者需要定期到医院进行复查，包括肾功能、尿常规、肾脏超声等检查，以了解病情的变化。如果肾功能进一步恶化，可能需要进行透析或肾移植等治疗。
需要注意的是，肾结石导致肾萎缩的治疗需要根据具体情况制定个性化的方案。在治疗过程中，患者需要积极配合医生的治疗，注意饮食和生活习惯的调整，以保护肾功能。同时，对于一些高危人群，如高尿酸血症、甲状旁腺功能亢进等患者，需要积极治疗原发病，以预防肾结石的发生。
