小儿腹泻分为感染性和非感染性。
一、感染性
感染性腹泻多见，其中80%是病毒感染，常见的病毒有轮状病毒、柯萨奇病毒、埃可病毒、肠道腺病毒、诺夫克病毒，也就是诺如病毒、冠状病毒、杯状病毒。细菌最常见的是大肠杆菌、痢疾杆菌、空肠弯曲菌、耶尔森菌、沙门氏菌。还有真菌，小儿以白色念珠菌多见。寄生虫常见为蓝氏贾地鞭毛虫、阿米巴原虫和隐孢子虫等。
二、非感染性
包括食饵性、症状性、过敏性及其他因素引起的。食饵性多为人工喂养，常因喂养不定时，饮食量不当，突然改变食物品种，过早喂大量淀粉或脂肪类食物引起的。症状性腹泻例如中耳炎、上呼吸道感染、肺炎、肾盂肾炎、皮肤感染或急性传染病时，可由于发热和病原体毒素的作用而并发腹泻。过敏性腹泻，对牛奶或大豆、鸡蛋等高蛋白食物过敏的孩子容易出现腹泻。其他因素，例如乳糖酶缺陷可以出现腹泻，还有腹部着凉、天气过热、消化液分泌减少等也可诱发消化道功能紊乱，导致腹泻。
