腘窝囊肿可能是由于先天性因素、慢性无菌性炎症、慢性膝关节病变等原因引起的。
1、先天性因素
膝关节部位存在水平裂隙样结构，随着年龄的增长，裂隙的部位可能也会随之增长，此时如果膝关节部位的关节腔中存在异常压力，会导致关节液从裂隙中流出，从而导致滑囊增大，出现腘窝囊肿。
2、慢性无菌性炎症
膝盖滑膜的位置比较浅表，容易发生损伤和感染的情况，当膝关节部位的滑膜出现慢性无菌性炎症时，也可导致腘窝囊肿的现象出现。
3、慢性膝关节病变
当膝关节部位发生半月板损伤、骨性关节炎等情况时，也可导致关节腔内的压力上升，从而导致腘窝囊肿发生。
