甲状腺囊肿一般难以自愈，其形成与甲状腺滤泡退行性变、炎症、出血等有关，从病因看炎症刺激等难让已形成囊肿消失，滤泡退行性变致的结构改变难逆转，儿童患之不干预影响发育需及时就医，成年人囊肿不消失，小且无症状定期监测，大或有症状恶变倾向需积极处理，有甲状腺基础病史人群囊肿也不会自愈且病情受影响需密切关注规范诊疗。
病因角度分析：若因炎症导致的甲状腺囊肿，炎症的消退通常不会使已经形成的囊肿自行消失，炎症可能还会持续刺激甲状腺组织，使得囊肿维持或进一步发展；而由甲状腺滤泡退行性变引起的囊肿，其结构的改变是一种病理性的变化，身体自身通常无法逆转这种结构变化来让囊肿自愈。
不同人群情况
儿童：儿童患甲状腺囊肿时，由于其身体处于生长发育阶段，甲状腺囊肿若不干预，可能会影响甲状腺功能，进而影响儿童的生长发育等，一般不会自愈，需及时就医评估处理。
成年人：成年人的甲状腺囊肿同样不会自行消失，若囊肿较小且无明显症状，可能需要定期监测甲状腺功能及囊肿变化；若囊肿较大出现压迫症状或有恶变倾向等，则需积极采取相应医疗措施。
特殊病史人群：对于有甲状腺相关基础病史的人群，如既往有甲状腺炎等病史的患者，其甲状腺囊肿更不会自愈，且病情可能因基础病史影响而有不同发展态势，需密切关注并规范诊疗。
