肛门神经官能症是影响肛门及周围区域神经功能的功能性疾病，常见症状有肛门局部异常感觉，包括难以忍受且无明显皮肤病变的瘙痒感，以及持续存在、活动时相对不明显休息或久坐后更明显的坠胀感；排便相关症状，有排便次数增多或减少（大便性状基本正常）、因神经功能失调致的排便困难；全身伴随症状，包括伴有焦虑、抑郁、失眠等精神心理症状，以及心慌、气短、多汗、乏力等植物神经功能紊乱表现，年龄较大、久坐不注意肛周清洁、有长期精神压力、长期焦虑抑郁、高压力生活等人群易出现相关症状。
肛门局部异常感觉
瘙痒感：患者会感觉肛门周围有难以忍受的瘙痒，这种瘙痒通常没有明显的皮肤病变，与一般由湿疹、寄生虫等引起的瘙痒不同，是一种神经感觉异常导致的主观瘙痒感，可能会因患者过度搔抓而导致皮肤破损，但瘙痒感本身持续存在且难以通过常规止痒措施缓解，年龄较大、生活方式久坐且不注意肛周清洁的人群相对更易出现此类瘙痒症状，病史方面若有长期精神压力大的情况可能加重该症状。
坠胀感：患者自觉肛门有坠胀不适，总感觉有便意但又无法正常排出或排出量很少，这种坠胀感会持续存在，在白天活动时可能相对不明显，而在休息或久坐后会更加明显，女性在生理期前后可能因盆腔充血等因素使坠胀感加重，有长期焦虑等精神病史的人群发生肛门坠胀感的概率相对较高。
排便相关症状
排便次数改变：可能出现排便次数增多或减少的情况。排便次数增多时，每天排便次数可能超过3次，但大便性状一般基本正常；排便次数减少时，可能几天才排便一次，不过大便多为成形便，这与肠道本身器质性病变导致的排便习惯改变不同，主要是神经功能紊乱影响了肠道的正常蠕动和排便反射，长期精神紧张、生活不规律的人群容易出现排便次数的异常改变。
排便困难：患者有排便费力的情况，感觉粪便排出不畅，但并非由肠道狭窄等器质性原因引起，是由于肛门周围神经功能失调影响了排便肌群的协调运动，老年人由于身体机能衰退，神经调节功能相对较弱，更容易出现这种排便困难的情况，长期抑郁、焦虑的人群也可能因神经功能紊乱导致排便困难加重。
全身伴随症状
精神心理症状：患者往往伴有精神心理方面的问题，如焦虑、抑郁、失眠等。长期的肛门不适症状会导致患者精神高度紧张，进而引发焦虑情绪，而焦虑又会进一步加重肛门的不适感觉，形成恶性循环。例如，一些长期处于工作压力大环境中的人群，本身神经就比较敏感，更容易出现肛门神经官能症并伴随精神心理症状，病史中有明确精神疾病家族史的人在面对肛门不适时也更易出现严重的精神心理问题。
植物神经功能紊乱表现：可能出现心慌、气短、多汗、乏力等植物神经功能紊乱的表现。这是因为肛门神经官能症与全身的神经调节系统相关，当肛门神经出现功能紊乱时，可能会影响到植物神经系统的平衡，不同年龄段的人群都可能出现这些伴随症状，但中青年人群如果长期处于高压力生活状态下，更易出现植物神经功能紊乱的相关表现。
