小儿肠套叠病因复杂，包括解剖因素（婴儿期回盲部系膜未完全固定致活动度大）、饮食因素（添加辅食及食物种类改变致胃肠功能紊乱）、病毒感染（引起回盲部集合淋巴结肿大影响肠管蠕动）、肠痉挛及自主神经失调（腹部着凉等致肠壁痉挛、肠道蠕动紊乱）。
解剖因素：婴儿期回盲部系膜尚未完全固定，活动度较大，是导致肠套叠的解剖学基础。例如，婴儿出生后前几个月，回盲部相对于结肠较为游离，当肠道蠕动发生紊乱时，容易使回肠末端套入结肠内，引发肠套叠。
饮食因素：
添加辅食：婴儿在4-10个月龄时，正是添加辅食的阶段，肠道对新食物的适应过程可能会导致胃肠功能紊乱。比如从单纯的乳类喂养过渡到添加米粉、蔬菜泥等食物时，肠道消化酶需要适应新的食物成分，可能引起肠道蠕动节律的改变，从而诱发肠套叠。
食物种类改变：如果婴儿突然改变食物的种类和性质，也可能影响肠道的正常消化和蠕动。例如原本食用母乳的婴儿开始添加配方奶，或者辅食的成分突然发生较大变化，都可能使肠道不适应，增加肠套叠的发生风险。
病毒感染：上呼吸道感染或胃肠道感染等病毒感染可引起回盲部集合淋巴结肿大，局部肠管增厚，甚至凸入肠腔，影响肠管的正常蠕动，进而诱发肠套叠。研究表明，某些病毒感染后会导致肠道功能紊乱，例如腺病毒、轮状病毒等感染后，可能使小儿肠道蠕动异常，增加肠套叠发生的可能性。
肠痉挛及自主神经失调：儿童胃肠道对各种刺激的反应较为敏感，如腹部着凉、暴饮暴食等都可能引起肠壁局部痉挛。当肠壁痉挛时，肠管部分肠段会进入邻近肠腔，从而引发肠套叠。而且小儿的自主神经调节功能尚未发育完善，容易出现肠道蠕动紊乱的情况。比如在天气变化时，小儿腹部保暖不当导致着凉，可能引起肠痉挛，进而增加肠套叠的发生几率。
