直肠息肉的发生受多种因素影响，包括遗传因素（如家族性腺瘤性息肉病的APC基因缺陷）、炎症刺激（长期肠道炎症如溃疡性结肠炎等致黏膜受损修复后息肉形成）、生活方式因素（高脂低纤维饮食、吸烟）、年龄（随年龄增长发生率升高）、性别（男性略高）及肠道寄生虫感染（如血吸虫感染致慢性炎症引发息肉样增生）。
炎症刺激
长期的肠道炎症，如溃疡性结肠炎、克罗恩病等慢性肠道炎症性疾病，会持续刺激直肠黏膜，导致黏膜反复受损、修复，在此过程中容易引发息肉形成。炎症状态下，肠道黏膜的细胞增殖和凋亡平衡被打破，细胞过度增殖就可能形成息肉。例如，溃疡性结肠炎患者病程超过10年者，直肠息肉的发生率会明显升高，这类患者需要积极控制肠道炎症，以降低息肉发生风险。
生活方式因素
饮食方面：长期高脂、低纤维饮食是直肠息肉的危险因素之一。高脂肪饮食会使胆汁酸分泌增加，胆汁酸在肠道内经过细菌作用后可能产生致癌物质，长期刺激直肠黏膜；而低纤维饮食会使粪便通过肠道的时间延长，肠道黏膜与致癌物质接触时间增加，容易诱发息肉。例如，西方发达国家人群由于高脂、低纤维饮食结构，直肠息肉的发病率相对较高。
吸烟：吸烟也可能与直肠息肉的发生有关，烟草中的有害物质会影响肠道的正常生理功能，破坏肠道黏膜的屏障功能，增加息肉发生的可能性。有吸烟习惯的人群比不吸烟人群患直肠息肉的风险要高一些。
年龄和性别因素
年龄：随着年龄的增长，直肠息肉的发生率逐渐升高。老年人肠道功能衰退，肠道黏膜更容易受到各种因素的损伤和刺激，细胞的修复能力下降，从而增加息肉形成的几率。一般40岁以上人群直肠息肉的检出率明显高于年轻人。
性别：男性患直肠息肉的风险略高于女性，但差异相对不是特别显著，不过在临床中也需要综合考虑性别因素对肠道健康的影响。
其他因素
肠道寄生虫感染：某些肠道寄生虫，如血吸虫感染，会导致肠道慢性炎症，长期的炎症刺激可引起直肠黏膜息肉样增生。在血吸虫病流行地区，直肠息肉的发生率相对较高，患者往往有明确的血吸虫感染病史，及时治疗寄生虫感染有助于降低直肠息肉发生风险。
