Ⅱ型肾小管性酸中毒的高发人群包括有遗传因素相关人群、患有某些先天性疾病的人群、长期服用某些药物的人群、有自身免疫性疾病的人群以及儿童群体，遗传因素相关人群因特定基因突变等致患病风险高；先天性代谢性疾病及肾小管发育异常患者因疾病影响肾小管功能易患病；长期服特定抗生素者因药物蓄积损伤肾小管易发病；自身免疫性疾病患者因免疫反应累及肾小管易患病；儿童因发育阶段肾小管功能不完善等成高发人群。
患有某些先天性疾病的人群
先天性代谢性疾病患者：一些先天性代谢性疾病可能影响肾小管的功能，进而易引发Ⅱ型肾小管性酸中毒。比如胱氨酸贮积症等疾病，由于体内代谢物质的异常堆积，会干扰肾小管的正常生理功能，使得碳酸氢盐的重吸收等过程受到影响，导致Ⅱ型肾小管性酸中毒的发生风险增加。
先天性肾小管发育异常患者：先天性肾小管发育异常的患儿，其肾小管的结构和功能本身存在缺陷，在生长发育过程中更易出现Ⅱ型肾小管性酸中毒。例如，肾小管形态、结构发育异常，影响了近端肾小管对碳酸氢盐的重吸收机制，使得机体酸碱平衡调节出现紊乱，容易罹患该病。
长期服用某些药物的人群
长期服用特定抗生素的人群：长期服用某些抗生素可能对肾小管功能产生不良影响。例如，长期使用过期四环素类抗生素等，可能会损伤近端肾小管细胞，影响其重吸收碳酸氢盐的能力，从而增加Ⅱ型肾小管性酸中毒的发病风险。这类人群由于长期用药，药物在体内蓄积，逐渐对肾小管造成损害，使得酸碱平衡调节失衡。
有自身免疫性疾病的人群
自身免疫性疾病患者：患有自身免疫性疾病时，机体的免疫反应可能累及肾小管，导致Ⅱ型肾小管性酸中毒。例如，干燥综合征等自身免疫性疾病，自身抗体攻击肾小管相关组织，影响肾小管的正常功能，使得碳酸氢盐重吸收障碍，进而引发Ⅱ型肾小管性酸中毒。这类人群因为自身免疫紊乱，免疫系统错误地攻击自身组织，其中就包括肾小管，从而增加了患病几率。
儿童群体
婴幼儿及儿童阶段：儿童处于生长发育阶段，肾小管功能尚不完善，若存在一些潜在的致病因素，更易发生Ⅱ型肾小管性酸中毒。比如，儿童时期若有感染等情况，可能诱发机体的免疫反应或直接损伤肾小管，加之其自身肾小管功能发育未成熟，对酸碱平衡的调节能力较弱，所以相对来说是Ⅱ型肾小管性酸中毒的高发人群。特别是一些有先天性发育问题或有家族遗传易感性的儿童，在生长过程中更需密切关注，因为其身体的生理特点使得患病风险相对较高。
