儿童肾小管性酸中毒的病因包括遗传因素和继发性因素，遗传因素如近端肾小管性酸中毒（Ⅱ型）部分由基因突变致近端肾小管碳酸氢盐重吸收障碍等，远端肾小管性酸中毒（Ⅰ型）可由伴耳聋等遗传性疾病致远端肾小管泌氢功能异常；继发性因素有全身性疾病（自身免疫性疾病、感染性疾病）、药物及中毒因素（长期用含马兜铃酸中药、重金属中毒）、其他继发性因素（营养不良、肾脏疾病）。
远端肾小管性酸中毒（Ⅰ型）：一些遗传性疾病可导致远端肾小管泌氢功能异常。如伴有耳聋的常染色体显性遗传疾病（如DFRDA），是由于编码氯离子通道蛋白等相关基因的突变，影响了远端肾小管上皮细胞的氯离子-氢离子交换等功能，使得氢离子排泄障碍，引发远端肾小管性酸中毒。此类遗传因素引起的儿童远端肾小管性酸中毒，在家族中可呈现一定的遗传模式，通过基因检测等手段可能发现相关的致病基因异常。
继发性因素相关病因
全身性疾病
自身免疫性疾病：儿童患系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病时，机体的自身免疫反应可能累及肾小管，导致肾小管功能受损。自身抗体攻击肾小管相关结构或干扰肾小管正常的生理功能，进而引发肾小管性酸中毒。例如，系统性红斑狼疮患儿体内产生的自身抗体可能针对肾小管上皮细胞的某些抗原成分，破坏肾小管的正常结构和功能，影响氢离子的分泌和重吸收等过程。
感染性疾病：某些细菌、病毒感染也可能继发肾小管性酸中毒。如儿童感染肺炎链球菌等细菌后，机体的免疫反应可能引发肾小管间质炎症，影响肾小管的功能。感染引起的炎症介质释放等可干扰肾小管的正常代谢和离子转运功能，导致肾小管性酸中毒。例如，在一些严重的细菌感染病程中，可能出现肾小管功能受损的情况，表现为肾小管性酸中毒相关的症状和实验室检查异常。
药物及中毒因素
药物：一些儿童长期使用某些药物可能导致肾小管损伤。例如，长期使用含有马兜铃酸的中药，如关木通、广防己等，马兜铃酸可引起肾小管-间质损害，导致肾小管性酸中毒。马兜铃酸能够损伤肾小管上皮细胞，影响肾小管的重吸收和分泌功能，长期暴露于马兜铃酸环境下的儿童，发生肾小管性酸中毒的风险增加。
中毒：重金属中毒也是儿童继发性肾小管性酸中毒的常见原因之一。如铅中毒，儿童接触含铅的环境或物品后，铅可通过血液循环进入肾脏，损害肾小管。铅会抑制肾小管上皮细胞的酶活性，干扰离子转运过程，导致肾小管对碳酸氢盐的重吸收减少或氢离子分泌障碍等，进而引发肾小管性酸中毒。此外，汞中毒等其他重金属中毒也可能通过类似机制损伤肾小管，引起肾小管性酸中毒。
其他继发性因素
营养不良：儿童长期营养不良，尤其是蛋白质、维生素等摄入不足时，可能影响肾小管的正常结构和功能。例如，维生素D缺乏时，可影响钙磷代谢，间接导致肾小管功能异常。维生素D缺乏会影响肠道对钙的吸收，机体为维持血钙平衡，可能通过甲状旁腺激素等调节机制影响肾小管对钙、磷等的重吸收和排泄，长期维生素D缺乏可能导致肾小管性酸中毒相关的病理改变。
肾脏疾病：某些儿童肾脏本身的疾病也可继发肾小管性酸中毒。如遗传性肾炎（Alport综合征），除了有肾小球病变外，也可能累及肾小管，导致肾小管功能障碍，出现肾小管性酸中毒。Alport综合征患儿的基因突变可影响肾小球和肾小管的基底膜结构，进而影响肾小管的正常功能，包括离子转运等过程，从而引发肾小管性酸中毒。
