艾滋病难以治愈的原因在于病毒具潜伏特性，会整合到宿主细胞基因组中常规免疫难识别清除且治疗后可重新激活；病毒变异快，逆转录酶缺乏校正修复功能易变异致逃避免疫和药物攻击；免疫系统损伤与重建困难，攻击CD4T淋巴细胞致免疫缺陷且难完全重建，不同人群及有基础病史者恢复更难；药物难达病毒潜伏部位，现有药物针对复制病毒对潜伏病毒无效停药易复发且不同生活方式人群影响药物作用效果。
病毒的潜伏特性
艾滋病病毒（HIV）具有独特的潜伏特性。HIV会侵入人体免疫系统中的CD4T淋巴细胞等靶细胞，将自身的遗传物质整合到宿主细胞的基因组中。此时，病毒处于潜伏状态，宿主细胞表面没有明显的病毒抗原表达，常规的免疫系统难以识别并清除这些潜伏的病毒。例如，研究发现，在接受抗逆转录病毒治疗的患者体内，即使病毒载量被抑制到检测不到的水平，仍然存在潜伏的HIV前病毒，它们可以在适当的时机重新激活复制，导致病情复发。
病毒变异快
HIV是一种逆转录病毒，其逆转录酶缺乏校正修复功能，导致病毒在复制过程中容易发生变异。这种快速的变异使得病毒能够不断产生新的毒株，逃避人体免疫系统的识别和抗逆转录病毒药物的攻击。不同变异的病毒株在抗原性等方面发生改变，使得人体免疫系统难以始终如一地应对，抗逆转录病毒药物也可能因为病毒的变异而逐渐失去疗效。例如，随着时间推移，HIV可能会产生对多种常用抗逆转录病毒药物的耐药突变株，给治疗带来极大困难。
免疫系统的损伤与重建困难
HIV主要攻击人体的免疫系统，尤其是CD4T淋巴细胞，导致免疫系统逐渐遭到破坏，出现免疫功能缺陷。即使通过抗逆转录病毒治疗抑制了病毒复制，要完全重建被严重破坏的免疫系统也非常困难。受损的免疫系统在细胞数量和功能恢复方面存在诸多障碍，例如，CD4T淋巴细胞数量难以完全恢复到正常水平，且即使数量有所恢复，其功能也可能存在缺陷，无法像健康时那样有效地识别和清除病原体。对于不同年龄、性别等因素影响下的人群，免疫系统的基础状态和恢复能力有所不同。比如，老年人本身免疫系统功能就相对较弱，在艾滋病治疗后免疫系统的重建可能更为艰难；女性在激素等因素影响下，免疫系统的反应和恢复情况也可能与男性有所差异。而且，对于有基础病史的患者，原有的疾病可能会影响免疫系统的恢复进程，增加了免疫系统重建的难度。
药物难以到达病毒潜伏部位
由于病毒潜伏在宿主细胞的基因组中，常规的抗逆转录病毒药物难以到达这些潜伏部位发挥作用。目前的药物主要针对正在复制的病毒，而对于整合到宿主基因组中的潜伏病毒无能为力。这就使得即使患者接受了长期的抗逆转录病毒治疗，也无法彻底清除体内所有的HIV，一旦停药，病毒就可能重新活跃复制，导致病情复发。在不同生活方式的人群中，例如生活不规律、有不良生活习惯的患者，可能会因为身体整体状态不佳等因素，影响药物在体内的分布和对潜伏病毒部位的作用效果。
