朱砂安神丸含朱砂等成分，目前明确严重副作用报道少，但需注意：朱砂含硫化汞，长期或过量服用有汞中毒风险，儿童、孕妇等特殊人群更易受影响；部分人可能过敏；不同性别虽无足够证据表明显著影响副作用，但女性特殊生理阶段需谨慎；长期大量饮酒者、肝肾功能不全者等特殊人群使用需注意，前者影响药物代谢，后者易致药物蓄积增加副作用风险。
个体差异导致的不适：部分人可能对朱砂安神丸中的某些成分过敏，从而出现过敏反应，如皮肤瘙痒、皮疹、红肿等。不同性别在药物代谢等方面可能存在一定差异，但目前尚无足够证据表明性别差异会显著影响朱砂安神丸副作用的发生，但女性在孕期、哺乳期等特殊生理阶段使用时需更加谨慎评估风险。对于有特殊生活方式的人群，如长期大量饮酒者，酒精可能会影响药物在体内的代谢过程，增加药物不良反应发生的可能性；有特定病史的人群，如肝肾功能不全者，由于其肝肾功能障碍，对药物的代谢和排泄能力下降，更容易导致药物成分在体内蓄积，进而增加出现副作用的风险。
