香砂六君丸与木香顺气丸在药物组成、功效主治、适用人群及特殊情况、药理作用方面存在不同。香砂六君丸由木香等组成，益气健脾和胃，适用于脾虚气滞者，可调节胃肠运动等；木香顺气丸由木香等组成，行气化湿健脾和胃，主治湿浊中阻脾胃不和者，阴虚气滞者慎用、孕妇禁用，能调节胃肠运动等改善相关症状。
木香顺气丸主要由木香、砂仁、醋香附、槟榔、甘草、陈皮、厚朴（姜制）、枳壳（炒）、苍术（炒）、青皮（炒）组成。
功效主治方面
香砂六君丸：具有益气健脾、和胃的功效。适用于脾虚气滞，消化不良，嗳气食少，脘腹胀满，大便溏泄等症。从中医角度看，其针对的是脾胃虚弱、气机不畅的情况，侧重于改善脾虚引起的消化功能减弱相关症状。例如，对于一些脾胃虚弱者，稍进食稍多就出现腹胀、大便不成形，且伴有乏力等脾虚表现，可考虑香砂六君丸。
木香顺气丸：功效为行气化湿、健脾和胃。主治湿浊中阻、脾胃不和所致的胸膈痞闷、脘腹胀痛、呕吐恶心、嗳气纳呆等症。它更侧重于行气化湿，针对的是湿浊阻滞中焦、脾胃不和引起的气机不畅相关症状，像因湿浊困脾导致的腹胀、恶心、食欲不振等情况较为适用。
适用人群及特殊情况
香砂六君丸：适用于脾虚气滞人群，对于老年人群中常见的脾胃虚弱、消化功能差情况有一定作用，因为老年人群脾胃功能多有减退，易出现上述脾虚气滞表现。但对于孕妇等特殊人群需谨慎使用，孕妇用药需权衡利弊，因为其中一些药物成分可能对胎儿有潜在影响，应在医生指导下判断是否可用。
木香顺气丸：适用于湿浊中阻、脾胃不和者，对于因生活方式不规律，如嗜食肥甘厚味、缺乏运动等导致湿浊内生，引起脾胃不和出现腹胀等症状的人群较为适用。不过，阴虚气滞者慎用，比如一些有口干、舌红少津等阴虚表现的人群，使用可能会加重阴虚症状；而且孕妇也要禁用，因为其中某些药物可能影响妊娠。
药理作用方面
香砂六君丸：药理研究显示其能调节胃肠运动，对胃肠平滑肌有一定的调节作用，可增强胃肠蠕动，促进消化液分泌，帮助改善脾虚引起的消化功能障碍；还能调节胃液分泌等，从多方面改善脾胃功能。
木香顺气丸：药理上主要是通过行气化湿，调节胃肠运动，改善胃肠功能紊乱，缓解胃肠痉挛等起到治疗作用，能促进胃肠排气等，减轻湿浊中阻引起的胃肠不适症状。
