囊肿是否会痛受多种因素影响，包括部位（体表囊肿感染时、内脏囊肿大小、并发症等会致不同疼痛表现）、年龄（儿童囊肿表现不同，老年人囊肿易现并发症致疼痛复杂）、性别（特定部位囊肿发生率及疼痛表现有差异）、生活方式（不良生活方式影响囊肿病情及疼痛）、病史（有基础疾病患者囊肿疼痛表现不典型）。
一、不同部位囊肿的疼痛表现
体表囊肿：例如皮脂腺囊肿，一般较小的皮脂腺囊肿通常无明显疼痛，但若发生感染时，局部会出现红、肿、热、痛等炎症表现，此时会有疼痛症状。这是因为感染导致局部组织充血、水肿，刺激神经末梢引起疼痛。
内脏囊肿
肝囊肿：大多数肝囊肿体积较小时无明显症状，不会疼痛。当囊肿较大时，可能会压迫周围组织或器官，引起右上腹隐痛、胀满等不适；若囊肿发生破裂、扭转等情况，则会导致突发的剧烈疼痛。例如一些研究发现，较大的肝囊肿患者中约有一定比例会出现腹部隐痛等不适症状，而当出现并发症时疼痛会较为剧烈。
肾囊肿：单纯性肾囊肿较小的时候一般不会引起疼痛，当囊肿增大到一定程度，压迫肾盂、肾盏或周围组织时，可出现腰部胀痛等症状；如果囊肿合并出血、感染等情况，疼痛会加剧，可表现为腰部剧烈疼痛，并可能伴有血尿等表现。
二、年龄、性别等因素对囊肿疼痛的影响
年龄：儿童时期的囊肿相对较少见，若儿童出现囊肿，例如肾母细胞瘤（虽不是典型的囊肿，但属于肾脏的异常肿物），可能会出现腹部肿块、腹痛等症状，且由于儿童表述能力有限，可能需要更仔细的检查来发现疼痛相关表现。而老年人的囊肿，随着年龄增长，身体机能下降，对疼痛的感知和耐受可能会有所不同，而且老年人的囊肿可能更容易出现并发症，从而导致疼痛表现相对复杂。
性别：一般来说，性别对囊肿是否疼痛并没有绝对的特异性影响，但某些特定部位的囊肿可能在不同性别中的发生率及疼痛表现略有差异。例如乳腺囊肿，女性较为常见，多数乳腺囊肿患者可能会有乳房胀痛等表现，在月经前期由于体内激素变化，胀痛可能会加重，而男性乳腺囊肿相对少见，其疼痛表现也有不同特点。
生活方式：长期饮酒、高盐饮食等不良生活方式可能会影响一些内脏器官囊肿的病情发展，进而影响疼痛情况。比如长期饮酒可能会加重肝脏负担，对于肝囊肿患者，可能使囊肿相关的不适症状更明显；高盐饮食可能会加重肾脏负担，对肾囊肿患者的病情产生不利影响，增加疼痛等不适发生的可能性。
病史：有基础疾病的患者，如本身有肝脏疾病的患者合并肝囊肿，其疼痛表现可能会受到基础疾病的影响而变得不典型；有肾脏基础疾病的患者合并肾囊肿，疼痛情况也可能与单纯肾囊肿患者有所不同。例如本身有肝硬化的患者出现肝囊肿，由于肝硬化导致的肝脏质地改变等因素，囊肿引起的疼痛可能被掩盖或表现不典型。
