女性雌激素水平低受内分泌系统相关因素、年龄因素、生活方式因素、疾病因素影响。内分泌系统中下丘脑-垂体-卵巢轴功能失调、卵巢本身疾病可致雌激素低；青春期前、育龄期、围绝经期及绝经后雌激素水平有不同情况；饮食不均衡、过度减肥、长期吸烟饮酒会影响雌激素；自身免疫性疾病、甲状腺疾病、肝脏疾病等疾病也会导致雌激素水平低。
年龄因素
青春期前
青春期前女性的卵巢功能尚未完全启动，雌激素分泌量较少，这是正常的生理状态，随着年龄增长到青春期，卵巢逐渐发育成熟，雌激素分泌会逐渐增加。
育龄期
育龄期女性如果出现雌激素水平低，可能与一些病理情况相关，但也有特殊情况，比如部分女性可能因过度节食、营养不良等导致身体处于低营养状态，影响卵巢功能，进而使雌激素分泌减少；另外，一些生活方式因素也可能影响，如长期熬夜，会打乱内分泌节律，影响下丘脑-垂体-卵巢轴的功能，导致雌激素分泌异常。
围绝经期和绝经后
女性进入围绝经期后，卵巢功能开始衰退，卵泡数量减少，分泌雌激素的能力逐渐下降，绝经后卵巢几乎不再分泌雌激素，这是生理上的雌激素水平降低过程，主要是由于卵巢随着年龄增长逐渐衰退所致。
生活方式因素
饮食不均衡
长期饮食中缺乏足够的营养物质，尤其是缺乏蛋白质、脂肪、维生素等与性激素合成相关的营养成分，会影响雌激素的合成。例如，蛋白质摄入不足，身体无法合成足够的激素前体物质来合成雌激素；维生素E等抗氧化剂缺乏可能影响卵巢功能，进而影响雌激素分泌。
过度减肥
过度节食减肥的女性，身体处于能量摄入不足的状态，为了维持基本生理功能，身体会调整内分泌系统，可能抑制下丘脑-垂体-卵巢轴的功能，导致雌激素分泌减少。而且过度减肥还可能导致体重过低，影响激素的正常代谢和分泌。
长期吸烟饮酒
吸烟会影响血管内皮功能，影响卵巢的血液供应，进而影响卵巢功能，导致雌激素分泌减少；酒精会损害肝脏功能，影响激素的代谢，也可能干扰下丘脑-垂体-卵巢轴的正常功能，使雌激素水平降低。
疾病因素
自身免疫性疾病
某些自身免疫性疾病可攻击卵巢组织，例如自身免疫性卵巢炎，免疫系统错误地将卵巢组织当作外来异物进行攻击，破坏卵巢内的卵泡等结构，导致卵巢功能受损，雌激素分泌减少。
甲状腺疾病
甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响下丘脑-垂体-卵巢轴的功能，导致促性腺激素分泌异常，进而影响卵巢雌激素的分泌；甲状腺功能亢进时，机体代谢紊乱，也可能干扰内分泌系统的平衡，影响雌激素水平。
肝脏疾病
肝脏是激素代谢的重要器官，患有严重肝脏疾病时，如肝硬化等，会影响雌激素的代谢和灭活，导致体内雌激素水平相对降低。因为肝脏对雌激素的代谢和清除作用减弱，使得雌激素在体内蓄积的调节失衡。
